في عام 1400هـ افتتح برنامج الدراسات العليا وذلك في قسمي الدراسات الإسلامية تخصص العقيدة واللغة العربية تخصصي النحو والصرف والعلوم اللغوية ، واللغة والأدب والصرف ثم توالت الدراسة بالأقسام الأخرى بالكلية،وكان كل قسم يشرف على برنامج الدراسة وتنظيم أموره بمرحلتي الماجستير والدكتوراه .

نوقشت أول رسالة ماجستير بتاريخ 29/3/1404هـ بقسمي الدراسات الإسلامـية في تخصـص( العقيدة) ، واللغة العربية ( النحو والصرف ) . بينما نوقشت أول رسالة دكتوراه عام 1408هـ في تخصص (أصول الفقه ) وفي قسم التربية وعلم النفس في تخصص (المناهج وطرق التدريس) .

في العام الجامعي 1408هـ تم البدء في إقامة برنامج الدبلوم العام في التربية لمعلمات التعليم العام غير المؤهلات تربوياً ومازال البرنامج قائماً.في نهاية عام 1409هـ عينت وكيلة للكلية لشؤون الدراسات العليا وبالتالي تم إنشاء مكتب مستقل للإشراف العام على برامج الدراسات العليا بجميع أقسام الكلية وتنظيم أمورها.

في عام 1416هـ تم تقسيم الكلية إلى كليتين:كلية التربية للبنات الأقسام الأدبية ومقرها( حي ريع ذاخر) و كلية التربية للبنات، الأقسام العلمية ومقرها( حي العزيزية) ، تم تأجيل القرار الخاص بفصل الأقسام الأدبية عن الأقسام العلمية ليبقى القسمان تحت مسمى كلية التربية للبنات بمكة المكرمة .

تنفيذ قرار معالي الرئيس العام لتعليم البنات بفصل قسم الاقتصاد المنزلي بكلية التربية ليكون كلية للاقتصاد المنزلي ومقرها حي (شارع منصور) حيث تم افتتاح أقسام مختلفة فيها0في 24/2/1416 هـ . في عام 1418هـ تم فصل الأقسام الأدبية عن العلمية إدارياً بحيث أصبحت لكل كلية عمادة مستقلة.