1. قسم الرياضيات الذي تم افتتاحه عام 1410هـ وكان يتبع كلية التربية للبنات بمكة المكرمة.

2. قسم الكيمياء الذي تم افتتاحه عام 1418هـ

3. قسم الأحياء الذي افتتح عام 1420/1421هـ.

وحتى عام 1423هـ كانت الكلية تتبع الرئاسة العامة لتعليم البنات ومع إلغاء الأخيرة انتقلت كلية التربية للأقسام العلمية إلى وزارة المعارف وما لبثت قليلا حتى تم نقلها إلى وزارة التربية والتعليم بدءا من العام 1424هـ، والآن ومع بداية العام 1428هـ تم ضم كليات التربية بمكة إلى جامعة أم القرى إداريا وماليا وأكاديميا لتبدأ عهد جديد يملؤه التفاؤل والطموح وقد خضعت مناهج الكلية في انتقالاتها المتعددة لتعديلات تتناسب مع متطلبات كل مرحلة ومواكبة للتطورات العلمية وفق الإمكانيات التي كانت متاحة.وبالإضافة للأقسام الأكاديمية فان الكلية شملت عدة أقسام إدارية ومساندة قبل الإنضمام إلى جامعة أم القرى، هي:

1. قسم شئون أعضاء هيئة التدريس

2. قسم شئون الموظفات

3. قسم شئون الطالبات

4. مكتب التوجيه الاجتماعي والإرشاد الطلابي

5. قسم النشاط

6. الصرف

7. صندوق الطالبات

8. العلاقات العامة

9. الوحدة الصحية

10. مكتب التربية العملية.

11. مكتب الخريجات.

بالإضافة إلى لجان الرصد وسير الاختبارات ولجنتي الأمن والسلامة والجودة الشاملة كما تحوي الكلية على مكتبة للطالبات وعدة قاعات دراسية متصلة بالشبكة التلفزيونية.ولقد استمرت كلية التربية للأقسام العلمية بمكة المكرمة في برامج الدراسات العليا (بقسم الرياضيات) التي كانت قد بدأت قبل الانفصال بالإضافة إلى التوسع في افتتاح برامج دراسات عليا جديدة (بقسم الكيمياء) وفي قبول الطالبات الراغبات في إكمال دراساتهن العليا هذا عدا إتاحة الفرصة للراغبات في قيدهن في برامج دراسات عليا في كليات أخرى نتيجة لنقص الإمكانيات من أعضاء هيئة التدريس أو النقص في المعامل.