تزامن إنشاء أمانة مجلس الجامعة مع تكون مجلس الجامعة بعد صدور الآمر الملكي الكريم في شعبان 1401هـ  بتحويل  فرع جامعة الملك  عبد العزيز بمكة المكرمة  ليكون جامعة مستقلة تحت مسمى جامعة ام القرى بمكة المكرمة حيث اعتمد للجامعة ميزانية مستقلة اعتبارا من (1/7/1401هـ) وصدر نظامها بقرار مجلس الوزراء رقم (190)  وتاريخ(19/9/1401هـ) . وتعاقبت مسمياتها من امانة مجلس الجامعة إلى امانة مجالس الجامعة إلى ان  استقرت حتى وقتنا الحالي  على مسمى  (امانة مجلس الجامعة).